Bei dem Unglück stießen zwei Nahverkehrstriebwagen auf eingleisiger Strecke frontal zusammen, weil nach bisherigen Erkenntnissen ein Fahrdienstleiter ein falsches Abfahrsignal gab. Kurz darauf will der Fahrdienstleiter seinen Fehler bemerkt und die beiden Treibwagenführer durch einen Notruf per GSM-R-Bahnfunk zum sofortigen Anhalten aufgefordert haben. Er habe diese aber nicht erreichen können. Dies ließ den Verdacht aufkommen, dass sich die Züge zu diesem Zeitpunkt einem "Funkloch" befunden haben könnten. Ob dies tatsächlich der Fall war und ob das Unglück dadurch zu verhindern gewesen wäre, wird erst der Abschlussbericht des Eisenbahnbundesamtes zeigen.
Tatsache ist jedoch, dass Funklöcher im GSM-R-Netz der Eisenbahnen keine Seltenheit sind. Der "Stuttgarter Zeitung" zufolge gibt es allein in Baden-Württemberg z.Zt. 52 solcher Funklöcher; bundesweit dürften es mehrere hundert sein. Diese Funklöcher sind für jede Bahnstrecke in besonderen Verzeichnissen vermerkt, die den jeweiligen Lok- bzw. Triebwagenführern vorliegen. In diesen Verzeichnissen sind jedoch nur Funklöcher ab einer Streckenlänge von 100 Metern Länge erfasst. Nach Angaben der "Stuttgarter Zeitung" ist in dem Verzeichnis für die Unglücksstrecke bei Bad Aibling ein Funkloch von 400 Metern Länge verzeichnet, das jedoch kurz vor dem Abschnitt endet, auf dem sich das Unglück ereignete. Allerdings ist es aufgrund der Funk-Ausbreitungsbedingungen schwierig, nicht funkversorgte Streckenabschnitte metergenau zu bestimmen. Auch soll das Funkloch nach Angaben der Deutschen Bahn zum Zeitpunkt des Unglücks bereits geschlossen gewesen sein.
Funklöcher stellen nicht nur im digitalen GSM-R-Bahnfunk, sondern allgemein in digitalen Funknetzen ein besonderes Problem dar. Während in funktechnisch unterversorgten Gebieten mit analoger Technik oft noch eine (verrauschte) Funkverbindung möglich ist, reißt die Verbindung bei digitalen Systemen meist schlagartig ab bzw. kommt gar nicht erst zustande. Insbesondere in den sicherheitsrelevanten BOS-(TETRA-)Funknetzen kann dies zu gefährlichen Situationen führen: Polizei- und Rettungskräfte beklagen, dass es in dicht bebauten Gebieten und in Innenräumen oft zu Verbindungsproblemen und -abbrüchen kommt.
Umso wichtiger ist eine lückenlose Netzabdeckung. Nicht selten jedoch behindern Proteste aus der Bevölkerung den Bau erforderlicher Basisstationen und Füllsender. Selbsternannte "Fachleute" - oftmals sog. Baubiologen - reden den Bürgern ein, dass insbesondere von digitalen Sendeanlagen gesundheitsgefährdender "Elektrosmog" ausgeht. Oft stecken hinter solchen Aktionen finanzielle Interessen: Die verunsicherten Bürger sollen zum Kauf teurer Abschirmmaßnahmen animiert werden und den betroffenen Gemeinden wird empfohlen, kostspielige "Standortkonzepte" für die Standortplanung der Sender in Auftrag zu geben.
Aus wissenschaftlicher Sicht gehen von Digitalfunk-Basisstationen bei Einhaltung der gesetzlichen Grenzwerte keine gesundheitlichen Gefahren aus. Laufend durchgeführte Messungen der Bundesnetzagentur im gesamten Bundesgebiet zeigen, dass die Grenzwerte von Basisstationen in den meisten Fällen nur zu weit weniger einem Bruchteil eines Prozents ausgeschöpft werden.
